Tại Điều 17 "Điều kiện công nhận là người chuyển đổi giới tính", dự thảo hiện nay quy định cá nhân chỉ cần kiểm tra tâm lý, đã sử dụng hoóc môn trong một thời gian liên tục (khoảng 02 năm trở lên), hoặc chỉ cần phẫu thuật ngực thì được công nhận là người chuyển đổi giới tính. Như vậy, theo dự thảo hiện nay, nhiều người không hề phẫu thuật chuyển đổi bộ phận sinh dục nhưng vẫn được công nhận là đã chuyển giới và được thay đổi giới tính trên giấy tờ tùy thân. Quy định như vậy là quá lỏng lẻo, dẫn tới sự mâu thuẫn về giới tính giữa giấy tờ tùy thân và giới tính trên cơ thể (giấy tờ là "nam" nhưng lại có bộ phận sinh dục là "nữ" hoặc ngược lại), từ đó làm phát sinh nhiều hậu quả tiêu cực về pháp lý và xã hội, ví dụ như: - Nếu người đó đăng ký kết hôn, thì trên giấy tờ họ khác giới tính với vợ/chồng mình, nhưng trong thực tế họ là 2 người cùng giới tính (có cùng bộ phận sinh dục), tức là hôn nhân đồng tính (trong khi theo Luật Hôn nhân và gia đình năm 2014, hôn nhân đồng tính không được Nhà nước thừa nhận). Trong trường hợp này, Luật chuyển giới sẽ bị mâu thuẫn với Luật hôn nhân và gia đình. Mặt khác, nếu vợ/chồng họ không biết người chuyển giới đó vẫn có bộ phận sinh dục của giới tính gốc, thì sau khi kết hôn và phát hiện ra, chắc chắn sẽ dẫn tới ly hôn; + Nếu một người nữ được chuyển đổi giấy tờ tùy thân nhưng vẫn còn bộ phận sinh dục ban đầu (dương vật và tinh hoàn, âm đạo và tử cung…), họ vẫn có thể sinh con với người khác, khi đó thì con của họ sẽ phải khai sinh ra sao, và giải quyết chế độ thai sản như thế nào (vì mẹ của đứa trên giấy tờ lại là “nam”, hoặc cha đứa trẻ trên giấy tờ lại là "nữ"?) + Nếu một người nữ được chuyển đổi giấy tờ tùy thân thành “nam” nhưng vẫn còn bộ phận sinh dục của “nữ”, về pháp lý thì họ sẽ phải tham gia nghĩa vụ quân sự như các nam công dân khác, nhưng thực tế thì họ không thể chung sống, huấn luyện với các nam quân nhân được. Ngược lại, một người nam được chuyển đổi giấy tờ thành “nữ” nhưng vẫn còn bộ phận sinh dục của “nam” thì họ lại được miễn nghĩa vụ quân sự, dù thực tế họ vẫn có đầy đủ năng lực thể chất như các nam công dân khác. Trong trường hợp này, Luật chuyển giới sẽ bị lợi dụng để trốn tránh nghĩa vụ quân sự; + Nếu một người được chuyển đổi giấy tờ thành “nam” nhưng vẫn còn bộ phận sinh dục của “nữ” hoặc ngược lại, khi đó phải xử lý chế độ nghỉ hưu cho họ ra sao (theo giấy tờ hay theo thực tế cơ thể họ)? Trong trường hợp này, Luật chuyển giới có thể sẽ bị lợi dụng để trục lợi tuổi về hưu, do tuổi về hưu của nữ sớm hơn nam; + Nếu một người được chuyển đổi giới tính trên giấy tờ tùy thân nhưng vẫn còn bộ phận sinh dục của giới tính gốc, khi họ sinh hoạt với tập thể (ví dụ như đăng ký sống tại ký túc xá đại học) thì phải xếp họ vào ký túc xá nam hay nữ (vì giấy tờ của họ trái ngược với bộ phận sinh dục thực tế)? Hoặc nếu họ sử dụng nhà vệ sinh/nhà tắm công cộng thì họ sẽ phải sử dụng phòng nam hay phòng nữ? (ví dụ, một người giấy tờ là “nữ” nhưng thực tế lại có bộ phận sinh dục là nam (dương vật), nếu họ sử dụng phòng vệ sinh/phòng tắm nữ thì những phụ nữ khác sẽ coi đó là quấy rối tình dục nhưng theo giới tính trên giấy tờ thì lại không thể xử phạt người đó). Trong trường hợp này, Luật chuyển giới có thể sẽ bị lợi dụng để quấy rối tình dục. + Nếu một người được chuyển đổi giấy tờ thành “nữ” nhưng vẫn còn bộ phận sinh dục của “nam” (hoặc ngược lại, giấy tờ là “nam” nhưng thực tế lại có bộ phận sinh dục là nữ), sẽ xảy ra nhiều vụ án về tội phạm tình dục như mại dâm, hiếp dâm, lạm dụng tình dục… mà pháp luật sẽ không thể điều tra, xử lý được do giấy tờ nhân thân của thủ phạm trái ngược với bộ phận sinh dục thực tế. Vì những lý do trên, để dự thảo Luật được chặt chẽ và không gây mâu thuẫn với các luật khác khi áp dụng, đề nghị chỉnh sửa Điều 17 theo hướng “Chỉ cho phép cá nhân sau khi đã trải qua phẫu thuật chuyển đổi bộ phận sinh dục mới được công nhận là người chuyển đổi giới tính” (đa số các nước cho phép chuyển đổi giới tính cũng quy định chặt chẽ như vậy, bởi đặc điểm giới tính của một người chủ yếu được xác định dựa theo bộ phận sinh dục của người đó).