1. Chủ tịch: Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường kiêm Ủy viên Hội đồng Ủy hội sông Mê Công quốc tế của Việt Nam.
2. Phó Chủ tịch Thường trực: Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường.
3. Các Phó Chủ tịch: Thứ trưởng các Bộ: Ngoại giao và Tài chính.
4. Các Ủy viên:
a) Đại diện lãnh đạo các Bộ: Công Thương, Xây dựng, Khoa học và Công nghệ, Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Quốc phòng, Công an;
b) Chánh Văn phòng Ủy ban sông Mê Công Việt Nam kiêm Ủy viên Ủy ban Liên hợp Ủy hội sông Mê Công quốc tế của Việt Nam;
c) Đại diện lãnh đạo các Cục: Quản lý tài nguyên nước, Môi trường, Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai, Quản lý và Xây dựng công trình thủy lợi thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường;
d) Đại diện lãnh đạo của Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố có diện tích/ địa giới hành chính thuộc lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San -Srêpốk, bao gồm: An Giang, Cà Mau, Cần Thơ, Đắk Lắk, Đồng Tháp, Gia Lai, Lâm Đồng, Tây Ninh, Vĩnh Long, và Quảng Ngãi.
5. Đại diện lãnh đạo Tập đoàn Điện lực Việt Nam; đại diện một số tổ chức khai thác, sử dụng nước, xả nước thải vào nguồn nước có quy mô lớn hoặc có tác động lớn tới nguồn nước của lưu vực sông Mê Công; các nhà khoa học; các tổ chức chính trị - xã hội được mời tham gia các cuộc họp của Ủy ban và các Tiểu ban khi cần thiết.
6. Các Tiểu ban: Ủy ban sông Mê Công Việt Nam có Tiểu ban lưu vực sông Cửu Long và Tiểu ban lưu vực sông Sê San - Srêpốk.
(Theo Quyết định số 426/QĐ-TTg ngày 11/3/2026)